กล่าวกันว่าแต่เดิมในบริเวณวัดมีเก่าอยู่สองวัด คือวัดกระโจมทอง และวัดมาลา ต่อมาทั้งสองวัดนี้ได้ร้างไป จนเมื่อได้พบว่ามีพระพุทธรูปปางนาคปรกลอยมาตามน้ำ จึงได้ทำการอาราธนาขึ้นมาจากน้ำ และสร้างเป็นวัดพระลอย ทางวัดได้จำลองพระพุทธรูปนาคปรกไว้เพื่อให้ประชาชนได้สักการะและกราบไหว้บูชา ส่วนองค์จริงนั้นประดิษฐานอยู่ในพระวิหาร นอกจากนี้แล้วภายในบริเวณวัดยังมีโบสถ์ที่ปรักหักพังสันนิษฐานว่าสร้างในสมัยพระเจ้าอู่ทอง ทางวัดจึงได้ปฏิสังขรณ์โดยสร้างอุโบสถใหม่ครอบ