โบราณสถานเจดีย์แปดเหลี่ยม
เจดีย์วัดพระรูปสร้างขึ้นเพื่อบูชาและระลึกนึกถึงพระพุทธเจ้าตามคติความเชื่อของชาวพุทธ กรมศิลปากรได้ดำเนินการขุดแต่งเจดีย์ใน พ.ศ. ๒๕๓๔ และบูรณะเจดีย์ใน พ.ศ. ๒๕๓๗ สันนิษฐานว่า เจดีย์วัดพระรูปสร้างขึ้นในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๙ โดยก่อฐานรากเจดีย์บนชั้นดินธรรมชาติที่เป็นดินเหนียวอัดแน่นและมีการปรับพื้นที่ด้วยการถมทราย โครงสร้างของเจดีย์มีลักษณะกลวงเป็นโพรงแล้วอัดดินให้แน่น การก่ออิฐใช้ดินสอแล้วฉาบปูนปิดทับ การเรียงอิฐใช้วิธีวางก้อนยาวสลับก้อนขวาง มีการถากอิฐเป็นแนวเฉียงเพื่อปั้นปูนเป็นบัวและถากอิฐเป็นสันแหลมเพื่อปั้นปูนเป็นลูกแก้วอกไก่
รูปแบบของเจดีย์ครั้งแรกสร้างมีประกอบคือ ส่วนฐานล่างเป็นฐานเขียงในผังสี่เหลี่ยมจัตุรัส ต่อขึ้นด้วยฐานเขียงย่อมุมไม้สิบสองและฐานเขียงย่อมุมไม้ยี่สิบ ต่อขึ้นด้วยฐานบัวลูกแก้วในผังย่อมุมไม้สิบสอง ที่ฐานส่วนล่างและฐานบัวลูกแก้วนี้มีมุขยื่นเป็นคูหาในทางทิศตะวันออก ต่อขึ้นไปเป็นส่วนเรือนธาตุสองชั้น เรือนธาตุชั้นล่างอยู่ในผังสี่เหลี่ยมย่อมุมไม้สิบสอง แต่ละด้านมีการยกเก็จ ตรงกลางของแต่ละด้านทำจรนำประดิษฐานประติมากรรมปูนปั้นซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นพระพุทธรูปยืน เรือนธาตุชั้นบนอยู่ในผังแปดเหลี่ยม ตรงกลางของแต่ละด้านมีจรนำประดิษฐานประติมากรรมปูนปั้นซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นพระพุทธรูปยืนเช่นเดียวกับเรือนธาตุชั้นล่าง ต่อด้วยฐานบัวในผังแปดเหลี่ยมซ้อนลดหลั่นกันสองชั้น และฐานบัวในผังกลม ต่อขึ้นด้วยชั้นบัวปากระฆังในผังกลมรองรับส่วนองค์ระฆังในผังกลม
องค์ระฆังมีลักษณะสูงชะลูด เหนือองค์ระฆังเป็นบัลลังก์ในผังสี่เหลี่ยมย่อมุมไม้สิบหก และต่อด้วยปล้องไฉนในผังกลม เหนือจากส่วนนี้ขึ้นไปชำรุดสูญหาย สันนิษฐานว่ารูปแบบของเจดีย์องค์นี้ คลี่คลายมาจากเจดีย์วัดพระแก้ว อ.สรรคบุรี จ.ชัยนาท ที่มีรูปแบบคล้ายคลึงกันและมีอายุการสร้างร่วมสมัยกัน ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดของเมืองสุพรรณภูมิกับเมืองแพรกศรีราชาในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๙ ที่เป็นเมืองสำคัญในการควบคุมทรัพยากรบริเวณลุ่มแม่น้ำท่าจีนกับลุ่มแม่น้ำน้อย นอกจากนี้ การสร้างเจดีย์ที่มีเรือนธาตุอยู่ในผังแปดเหลี่ยม ยังนับเป็นเอกลักษณ์ของรูปแบบเจดีย์ในสมัยเมืองสุพรรณภูมิ ดังปรากฏตัวอย่างหลายแห่งในเมืองสุพรรณ อาทิ เจดีย์วัดมรกต เจดีย์วัดพระอินทร์ เจดีย์วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ เป็นต้น
ต่อมาในราวพุทธศตวรรษที่ ๒๐ มีการบูรณะเจดีย์ครั้งใหญ่ นับเป็นสมัยที่ ๒ สันนิษฐานว่าเนื่องจากเจดีย์คงชำรุดทรุดโทรม โดยมีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญคือ ทำฐานบัวปิดล้อมรอบฐานเขียงชั้นล่างสุดของเจดีย์ และทำการตกแต่งลวดลายปูนปั้นบนองค์เจดีย์ใหม่ทั้งองค์ ทั้งในลักษณะปั้นเพิ่มเติมส่วนที่ชำรุดเสียหายและปั้นปิดทับของเดิม ดังปรากฏร่อยรอยเหลืออยู่ที่ช่องจรนำเรือนธาตุ บัวปากระฆัง และบัลลังก์ ลวดลายปูนปั้นที่เกิดจากการบูรณะครั้งนี้ สามารถเทียบได้กับลวดลายปูนปั้นที่ปรางค์วัดมหาธาตุ จ.ลพบุรี พระปรางค์วัดราชบูรณะ จ.พระนครศรีอยุธยา กำหนดอายุอยู่ในราวพุทธศตวรรษที่ ๒๐
เจดีย์วัดพระรูปได้รับการบูรณะเพิ่มเติมอีกครั้งหนึ่ง นับเป็นสมัยที่ ๓ โดยการทำฐานบัวล้อมฐานเจดีย์ทางด้านทิศตะวันตก ก่อยาวไปชนกับฐานอาคารเก่า สันนิษฐานว่าการบูรณะในครั้งนี้น่าจะเกิดขึ้นในราวพุทธศตวรรษที่ ๒๓-๒๔ ต่อมาในราว พ.ศ. ๒๔๕๙ มีการสร้างเก๋งจีนข้างเจดีย์ ในครั้งนั้นสันนิษฐานว่ามีการบูรณะเจดีย์อีกครั้งหนึ่ง โดยการทำฐานเขียงทางด้านทิศตะวันออกเพื่อป้องกันดินพังทลาย และปูพื้นอิฐทางด้านทิศใต้เพื่อเชื่อมระหว่างเจดีย์กับเก๋งจีน การบูรณะครั้งนี้นับเป็นครั้งสุดท้ายก่อนที่กรมศิลปากรจะดำเนินการบูรณะครั้งใหญ่ใน พ.ศ. ๒๕๓๔