พิพิธภัณฑ์วัดพระรูปเกิดขึ้นจากดำริของพระครูสุนทรสุวรรณกิจ (ดี จตฺตมโล) หรือหลวงพ่อดี และชาวบ้านชุมชนย่อยวัดพระรูป ตัวอาคารพิพิธภัณฑ์สร้างขึ้นในปี พ.ศ. ๒๕๓๓ เป็นอาคารคอนกรีต ๒ ชั้น ในครั้งนั้นเมื่อสร้างอาคารเสร็จจึงได้ปรับพื้นที่ชั้นบนเป็นที่จัดแสดงพระพุทธบาทไม้และสิ่งของเครื่องใช้ต่าง ๆ ไว้เป็นเบื้องต้น ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๖๑ จึงได้เริ่มกระบวนการฟื้นฟูการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์วัดพระรูปขึ้น จากความประสงค์ของกลุ่มประชาคมวัดพระรูป ภายใต้การนำของพระครูสังฆรักษ์วุฒิพันธุ์ สิริธโร (เพ็งสุวรรณ) เจ้าอาวาสวัดพระรูป คณะกรรมการวัดพระรูป ชาวชุมชนวัดพระรูป ตลอดจนเครือข่ายชมรมนักโบราณคดี (สมัครเล่น) เมืองสุพรรณ ที่ต้องการจะฟื้นฟูและสืบสานงานพิพิธภัณฑ์ที่เคยริเริ่มไว้ตั้งแต่สมัยพระครูสุนทรสุวรรณกิจ(หลวงพ่อดี)โดยได้รับการสนับสนุนงานทางด้านวิชาการจากคณะนักวิจัยสถาบันไทยคดีศึกษา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ภายใต้แนวคิดการจัดทำพิพิธภัณฑ์วัดพระรูปให้เป็นแหล่งเรียนรู้ตลอดชีวิตในยุคปัจจุบัน
        เว็บไซต์พิพิธภัณฑ์วัดพระรูป เป็นผลผลิตส่วนหนึ่งของโครงการวิจัยเรื่อง “การวิจัยและพัฒนาเพื่อยกระดับพิพิธภัณฑ์วัดพระรูป จังหวัดสุพรรณบุรี ให้เป็นแหล่งเรียนรู้ตลอดชีวิต ที่เหมาะสมกับสังคมไทยในศตวรรษที่ ๒๑” (Research and Development of Temple Museum for Promoting a Lifelong Learning Center in the 21 Century: A Case Study of Wat Phrarub Museum, Suphan Buri Province) ได้รับทุนสนับสนุนจาก หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนากำลังคนและทุนด้านการพัฒนาสภาบันอุดมศึกษา การวิจัยและการสร้างนวัตกรรม (บพค.) สำนักงานสภานโยบายการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรมแห่งชาติ (สอวช.) ประจำปีงบประมาณ ๒๕๖๓-๒๕๖๔