พระพุทธรูปหินทราย คือโกลนของพระพุทธรูป เป็นการนำหินทรายมาขึ้นเป็นรูปพระพุทธรูปด้วยการสลัก ถากเกลาอย่างคร่าวๆ ก่อนตกแต่งด้วยปูนปั้นหรือลงรักปิดทองจนเสร็จสมบูรณ์ เมื่อกาลเวลาผ่านไปพระพุทธรูปเหล่านี้ชำรุดปูนปั้นกะเทาะออกหมด จึงเหลือเพียงหินทรายที่เป็นโกลนของพระพระพุทธรูป ดังปรากฏเป็นพระพุทธรูปหินทรายตามวัดโบราณต่างๆ
พระพุทธรูปหินทรายที่วัดพระรูป ตามประวัติกล่าวว่าเมื่อคราวที่สร้างเก๋งจีนใน พ.ศ. ๒๔๕๐ ได้มีการนำชิ้นส่วนพระพุทธรูปหินทรายที่พบภายในวัดมาบูรณะขึ้นใหม่เป็นองค์พระเพื่อนำไปประดิษฐานไว้ภายในเก๋งจีน ต่อมาเก๋งจีนถูกทิ้งร้าง พระพุทธรูปหินทรายส่วนใหญ่ชำรุดเสียหายเป็นชิ้นส่วนกระจัดกระจายอยู่ในบริเวณเก๋งจีน ทางวัดได้เก็บรวบรวมไว้และบางส่วนได้นำไปประกอบและบูรณะขึ้นใหม่เป็นองค์พระเก็บรักษาอยู่ในโบสถ์มอญ นอกจากนี้ ยังได้พบชิ้นส่วนพระพุทธรูปหินทรายอีกจำนวนหนึ่งจากการบูรณะเจดีย์เมื่อ พ.ศ. ๒๕๓๖ มีทั้งพระเศียรและส่วนของพระวรกาย ซึ่งเป็นหลักฐานที่สะท้อนประวัติศาสตร์วัดพระรูปในช่วงเวลานั้น
ชิ้นส่วนพระพุทธรูปหินทรายทั้งหมดเท่าที่พบซึ่งส่วนใหญ่เป็นชิ้นส่วนพระวรกาย ทำให้สันนิษฐานได้ว่าน่าจะมีมากกว่า ๔๐ องค์ เกือบทั้งหมดเป็นหินทรายสีเทา และพบที่เป็นหินทรายสีแดงหนึ่งองค์ มีหลายขนาดแตกต่างกัน สร้างขึ้นจากชิ้นส่วนหินทรายประกอบกัน ถ้าองค์พระขนาดไม่ใหญ่มักประกอบจากชิ้นส่วนจำนวน ๓ ชิ้น ได้แก่ ส่วนล่างคือพระวรกายท่อนล่างทั้งหมดรวมถึงพระหัตถ์ทั้งสองข้างที่สลักติดกับพระเพลา ส่วนกลางคือพระอุทรขึ้นไปถึงพระอุระ และส่วนบนคือพระศอขึ้นไปจนถึงพระเศียร แต่ถ้าองค์พระขนาดใหญ่จะประกอบด้วยส่วนชิ้นจำนวนมากขึ้น พระพุทธรูปส่วนใหญ่มีพุทธลักษณะคล้ายคลึงกัน คือ ประทับนั่งขัดสมาธิราบ แสดงปางมารวิชัย พระวรกายครองจีวรห่มเฉียง จีวรบางแนบพระวรกาย สังฆาฏิยาวจรดพระนาภี ชายสังฆาฏิมีลักษณะคล้ายเขี้ยวตะขาบ
รูปแบบการสร้างและพุทธลักษณะดังกล่าว มีความสอดคล้องกับพระพุทธรูปหินทรายที่พบในศิลปะอยุธยาช่วงพุทธศตวรรษที่ ๒๐ ที่แสดงถึงอิทธิพลของศิลปะสุโขทัยเป็นอย่างมากแล้ว อาทิ พระพุทธรูปหินทรายที่วัดมหาธาตุ พระนครศรีอยุธยา ในเมืองสุพรรณบุรียังได้พบพระพุทธรูปหินทรายที่มีรูปแบบศิลปะและอายุใกล้เคียงกันกับที่วัดพระรูปอีกหลายแห่ง อาทิ วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ วัดสนามชัย วัดโพธิ์คลาน เป็นต้น พระพุทธรูปหินทรายแบบนี้เป็นที่นิยมอย่างมากมาก่อนแล้วในเมืองอยุธยา จึงสันนิษฐานว่าพระพุทธรูปหินทรายที่ปรากฏในเมืองสุพรรณบุรีอาจจะเป็นการนำมาจากเมืองอยุธยาก็เป็นได้
